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轉錄因子結合位點TFBS預測課程試學

時間:2019-07-31 10:17來源:原創 作者:biowolf.cn 點擊:
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轉錄因子結合位點(TFBS)

轉錄因子

能夠結合在某個上游特異核苷酸序列上的蛋白質,活化后從胞質轉位至胞核,通過識別和結合基因啟動子區的順式作用元件,啟動和調整基因表達。

轉錄因子

常見:FOXC1,SOX9,CEBPB,CTCF

BRCA1蛋白具有鋅指結果、酸性氨基酸區域等,與許多DNA結合蛋白結構類似,提示其可能為一種轉錄因子。體外實驗證實BRCA1蛋白羧基末端的酸性區域與酵母Ga14基因DNA結合位點結合,可充當轉錄起始因子。

BRCA1蛋白能刺激P21的表達,這些為其是一種轉錄因子提供直接證據。

轉錄因子結合位點(Transcript factor binding site,TFBS)是與轉錄因子結合的DNA片段,長度通常在5-20bp范圍內,一個轉錄椅子往往同時調控若干個基因,而它在不同基因上的結合位點具有一定的保守型,又不完全相同。

位置權重矩陣模型(Position Weight Matrix,PWM)

如果TFBS長度為L,PWM就是一個4行L列的矩陣,這個矩陣中每行對應著一種核苷酸,每列對應著TFBS的一個位置,第i行第j列的元素是TFBS種第j位上出現核苷酸i的概率。一個長度為L的序列與該轉錄因子結合的概率即為各個位置上核苷酸對應概率的乘積。某段序列與轉錄因子結合的概率越大,就說明他與轉錄因子相結合的結合能力越強。

基因上游序列

PWM矩陣





責任編輯:樂偉
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