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GEO芯片TCGA數據庫Oncomine數據庫

時間:2019-07-31 09:38來源:原創 作者:biowolf.cn 點擊:
方式一:在線學習: 購買課程 方式二:網盤發貨: 立即購買 課程目錄: 1、數據挖掘概述 2、GEO數據庫 3、功能分析 4、TCGA數據庫挖掘 5、Oncomine數據庫 一、數據庫挖掘與概述 GEO數據庫

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1、數據挖掘&概述

2、GEO數據庫

3、功能分析

4、TCGA數據庫挖掘

5、Oncomine數據庫

一、數據庫挖掘與概述

GEO數據庫

芯片數據http://www.yqrdgt.icu/GEOchip/geo_search.html

TCGA數據庫

癌癥數據庫,臨床信息http://www.yqrdgt.icu/TCGA/tcga_combat.html

數據挖掘

二、GEO數據庫

1、GEO在線工具

Analyze with GEO2R工具使用

GEO網址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

http://www.ncbi.nih.gov/geo/geo2r/

實例芯片代號:GSE79973

2、質量分析

3、數據處理

4、差異表達

三、功能分析

1、GO富集:GO(Gene ontology)按照生物途徑(Biology Process),分子功能(Molecular Function)和細胞定位(Celluar Location)

對基因進行注釋和分類。通過差異基因進行GO terms富集度統計學分析,計算出差異基因GO term的p-value和p-value的FDR值(q-value),定位差異基因最可能相關的GO term。

工具:1、DAVID;2、BINGO

2、KEGG富集分析

R做柱狀圖

3、蛋白互作網絡構建

String在線工具

網址:https://string-db.org/

四、TCGA數據庫挖掘

1、數據下載

gdc工具下載轉錄本數據

2、差異分析

edgeR包做差異分析

火山圖、熱圖

3、生存分析

5年生存曲線繪制

五、Oncomine數據庫分析

Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片數據庫和整合數據挖掘平臺,旨在挖掘癌癥基因信息。到目前為止,該數據庫已經收集了715個基因表達數據集,86733個癌癥組織和正常組織的樣本數據。Oncomine擁有最全的癌癥突變譜、基因表達數據以及相關的臨床信息,可利于發現新的生物標記物或新的治療靶點。

Oncomine的使用并非免費的,廣大高校的小伙伴們可要好好的珍惜自己的學生身份,在校生可以通過學校的郵箱注冊使用。 

通過oncomine,可以進行差異表達分析、共表達分析,查找某種癌癥中差異表達的基因,確定目的基因,確定研究方向。對于研究方向還沒有確定的臨床醫生,如果想要通過芯片篩選確定感興趣的研究分子,可以通過oncomine數據挖掘的方法確定研究方向。不僅可以為您節省科研成本,而且其信息也更加全面。





責任編輯:樂偉
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