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GSEA富集分析

時間:2019-07-31 11:19來源:原創 作者:森莘 點擊:
GSEA富集分析是芯片分析一項重要的分析內容
1.     進入官網下載GSEA,可以下載下載桌面板,也可以用java版更小更方便啦。
http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp

2、把下載的GSEA安裝號,就進入軟件的界面。

3、準備文件。
一定要看清我文件后綴

a. 第一個文件在官網網站下載,也可不下。

b. 第二個文件是差異分析的基因,格式如下。

#1.2照寫

19668是分析的差異基因總數,611是樣本總數

Description是對gene的描述,因為有的學員拿回來的gene是探針名,這時候就可以在第二列寫你的gene symbol,我因為去掉了探針名,所以就寫的NA嘍,GSEA格式就是這么要求的。
c. 第三個文件格式如下:

611是樣本數,2是分組,1是啥我也不知道,嘿嘿。

第2行是組名,我做的腫瘤就分為normal和tumor,可以自行更換。

第三行是樣本名,每一個樣本在什么組,有多少就寫多少,我寫了611個。

4、進入GSEA。

將文件全部導入,有錯誤這一步就會報錯,根據提示修改即可。

5、點擊Run GSEA.

第一個選項是基因表達矩陣文件。

第二個就是官網下載的文件,這里看個人喜好,可以做KEGG,GO什么的,也可以在這里下載其他的功能注釋數據庫。
第三個就是自己選了,normal可在前在后。
6、探針轉換基因名,我自帶名稱,選擇的否。
如果選擇True,下面的platform就要選一個注釋的數據庫,一般好像選第一個好像,我沒試過,小伙伴們可以多嘗試幾個數據庫。

7、 運行得到的結果。


責任編輯:樂偉
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