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甲基化數據也能做免疫細胞浸潤模式了

時間:2019-07-30 11:42來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
號外號外,甲基化芯片數據也能分析免疫浸潤模式了。 您在分析甲基化芯片數據的時候,是否覺得寫文章圖表太少,是否覺得新意還不夠,那我們生信自學網的這個文章您值得一看了。
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今天,我們生信自學網給大家介紹一個軟件包,只要我們有甲基化的數據,就能得到免疫細胞的含量。我們先了解下甲基化芯片和免疫浸潤的概念吧。

Illumina Human Methylation 450K BeadChip芯片可檢測人全基因組近450,000個甲基化位點,具有單堿基的分辨率。全面覆蓋了96%的CpG島,并根據需求加入了CpG島以外的CpG位點、人類干細胞非CpG甲基化位點、正常組織與腫瘤(多種癌癥)組織差異甲基化位點、編碼區以外的CpG島、miRNA啟動子區域和GWAS疾病相關區域的位點,同時覆蓋了Human Methylation27 BeadChip的90%的位點。

免疫細胞浸潤是指免疫細胞從血液中移向組織,開始發揮它的作用,可以從組織中分離出的浸潤免疫細胞。腫瘤中免疫細胞的浸潤與臨床結果密切相關,腫瘤中浸潤的免疫細胞最有可能作為藥物靶標來提高患者的生存率。
接下來,我們看下具體的軟件包了,它就是EpiDISH,我們看下EpiDISH的官方介紹吧。
EpiDISH is a R package to infer the proportions of a priori known cell subtypes present in a sample representing a mixture of such cell-types.
The package only includes one reference of 8 cell subtypes(B-cells, CD4+ T-cells, CD8+ T-cells, NK-cells, Monocdytes, Neutrophils, Eosinophils, and Granulocytes. Note that Granulocytes consist of Neutrophils and Eosinophils). This referecen dataset was based on 450k DNAm array; however, it could be directly used on both of 450k and EPIC array data.
從官方的介紹我們可以看出,EpiDISH針對甲基化的450k芯片,然后可以將450k芯片的數據轉換為8個免疫細胞的含量。驚喜吧,以后我們的做甲基化芯片數據分析的時候,是不是文章又增加不少內容,是不是文章的逼格一下子高了很多。

最后,我們生信自學網分享下,EpiDISH做免疫細胞浸潤的代碼,大家可以試著運行下,有問題可以跟我們生信自學網交流喲。

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責任編輯:樂偉
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