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ICGC數據庫挖掘入門簡介

時間:2019-07-30 11:36來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
ICGC(International Cancer Genome Consortium,國際腫瘤基因組協作組),主要目標是全面闡明導致全球人類疾病負擔的多種癌癥中存在的基因組變化。
ICGC(International Cancer Genome Consortium,國際腫瘤基因組協作組),主要目標是全面闡明導致全球人類疾病負擔的多種癌癥中存在的基因組變化。
ICGC收集了50種不同癌癥類型(或亞型)的腫瘤數據,其中包括基因異常表達,體細胞突變,表觀遺傳修飾,臨床數據等。
ICGC包括亞洲、澳大利亞、歐洲、北美和南美17個行政區的89項目,包括25000個癌癥基因組。

ICGC數據庫有表達也有臨床,那么很顯然,我們可以那這個數據庫做差異,也可以用臨床數據做KM生存分析,跟臨床的相關性分析。
看到這些簡介,我們很正常就會那ICGC數據庫和TCGA數據庫做比較。
1、最直觀的區別,ICGC數據庫是個國際腫瘤基因組協作組,是一個全球性的合作數據庫,包含的樣本是來自不同國家和地區;TCGA數據庫是美國國立癌癥研究所的數據庫,只有來自美國的樣本。有學員會問,那么作為全球聯盟數據庫,ICGC數據庫是否包含有TCGA的數據呢?答案是肯定的,ICGC數據確實包含有TCGA的數據。
2、在生信研究時,ICGC數據庫經常作為研究驗證用,比如TCGA數據庫胃癌的研究,很多時候我們希望對結果做驗證,也許是審稿人需要我們對結果做驗證,這個時候我們涉及實驗來對研究結果做驗證,也可以考慮用ICGC數據庫做驗證。
ICGC數據庫官網:
https://icgc.org/

責任編輯:樂偉
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