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SNP突變數據下載基于ICGC數據庫

時間:2019-07-30 11:27來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
ICGC數據庫SNP數據下載 前面我們已經介紹過這個數據庫,也有一個ICGC數據庫挖掘的課程,今天我們給大家介紹一下如何使用ICGC數據庫下載SNP數據。


ICGC數據庫SNP數據下載

前面我們已經介紹過這個數據庫,也有一個ICGC數據庫挖掘的課程,今天我們給大家介紹一下如何使用ICGC數據庫下載SNP數據。
1、進入ICGC數據庫官網,進入ICGC的官方有兩個地方可以下載數據,DCC Data Releases和Data Repositorles,Data Repositorles點進去的界面和TCGA數據庫界面類似,但是下載不是很方便,我們直接進入DCC Data Releases下載打包好的數據:

2、選擇數據版本,當然在這里我們都是選擇最新版的數據,我們需要提醒大家的是,不論是TCGA數據庫還是ICGC數據庫,生信自學網否反復強調要大家從官網下載數據,其他聚到獲取的數據沒有及時更新,或者其他原因都會影響分析。

進入下一級頁面,直接選擇“Projects”

3、進入癌癥選擇頁面,在這一步,我們需要選擇數據類型和數據來源,根據自己的分析,選擇數據,比如我們在這里選擇日本肝癌的數據,[LINC-JP] Liver Cancer - NCC, JP
每個癌癥的數據類型都不是統一的,所以需要大家根據研究點進去看是否和含有自己研究的數據,SNP突變數據在很多癌癥都存在,正好我們這里講解的就是SNP突變數據分析。

在查找數據時,我們一般先限定癌癥類型,然后找到該癌癥的數據,有些癌癥有多個機構提供,可以分別點進去看是否符合分析要求,在決定選哪份數據。
4、選擇好數據類型之后,我們就進入了數據下載頁面,在這個頁面,我們可以有病人信息,樣本信息,表達文件,SNP突變文件,當然如果大家選擇其他癌癥,內容可能不同,我們可以把這些數據都下載下來,然后選其中的SNP數據做后續的分析。

ICGC數據庫SNP課程已經給大家準備好了,大家可以學習《ICGC數據庫SNP數據挖掘》的課程,謝謝大家對生信自學網的大力支持。


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
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