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ssGSEA基因集文章套路腫瘤微環境熱圖

時間:2019-09-27 10:41來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
ssGSEA基因集文章套路課程之腫瘤微環境熱圖繪制
首先讓我們來看下這個熱圖,包含的信息是非常豐富的。

腫瘤微環境計算之后,得到機制細胞打分,免疫細胞打分,綜合打分,以及腫瘤純度。ssGSEA分析得到了每個樣本的29種免疫免疫基因集含量。熱圖橫坐標是TCGA每個樣品的名稱,縱坐標代表29中免疫基因集,在前面的分析中,根據免疫基因集,我們把樣品分成三組,分別是高免疫組、中免疫組和低免疫組。在上面的注釋上,熱圖加上了腫瘤微環境的打分信息,使得熱圖整體效果新穎,內容豐富。

腫瘤微環境打分和分組的關系:

基質細胞打分,從左到右,顏色越來越淺,也就是基質細胞含量越來越低,從熱圖可以看出,隨著免疫活性的降低,基質細胞含量也是越來越低的。

免疫細胞打分:從左到右,顏色越來越淺,也就是免疫細胞含量越來越低,從熱圖可以看出,隨著免疫活性的降低,免疫細胞含量也是越來越低的。

綜合打分:從左到右,顏色越來越淺,也就是綜合評分越來越低,從熱圖可以看出,隨著免疫活性的降低,綜合評分也是越來越低的。

細胞純度:從左到右,顏色越來越深,也就是細胞純度越來越高,從熱圖可以看出,隨著免疫活性的降低,細胞純度也是越來越高的。

以上圖形反應的情況也符合事實規律。
接下來我們看下繪制這個腫瘤微環境熱圖需要準備的數據:
1、腫瘤微環境每個樣品的評分:

2、樣本的免疫分組:

3、ssGSEA分析得到的免疫基因集表格:


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責任編輯:樂偉
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