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生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

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生信分析在線工具匯總大全

時間:2019-07-29 23:09來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
在線工具一般具有“功能強大、操作簡單、無需安裝、用完就走”的特點,因此深受科研人員的喜愛。生信自學網在這里做個簡單的整理。
在線工具一般具有“功能強大、操作簡單、無需安裝、用完就走”的特點,因此深受科研人員的喜愛。生信自學網在這里做個簡單的整理。
RNA二級結構
1、Mfold
工具鏈接:
http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold
 
2、RNAfold
工具鏈接:
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
 
3、蛋白互作網絡
String
工具鏈接:
https://string-db.org/
 
學習PPI網絡構建,可以學習生信自學網專利課程:
《蛋白互作和共表達網絡構建》
4、基因共表達網絡
Coexpedia
工具鏈接:
http://www.coexpedia.org/
 
5、序列Motif
MEME
工具鏈接:
http://meme-suite.org/
 
6、Weblogo
工具鏈接:
http://weblogo.threeplusone.com/
 
7、基因信息查找
Genecard
工具鏈接:
http://www.genecards.org
 
8、序列展示
ESPript
工具鏈接:
http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
 
9、Gene ID轉化
BioMart
工具鏈接:
http://www.ensembl.org/index.html
 
TCGA數據庫用的是ensembl ID,在分析的時候需要轉換為GENE symobl,可以學習生信自學網的課程:
《TCGA基礎課程差異分析生存分析》
10、g:profiler
工具鏈接:
https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
 
11、韋恩圖
Venny2.0
工具鏈接:
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
 
12、OmicShare 韋恩圖工具
工具鏈接:
http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn

 
13、三元圖
Ternary plot maker
工具鏈接:
https://www.ternaryplot.com/
 
14、基因結構分析
FGENES
工具鏈接:
http://softberry.com/
范例結果:
 

15、系統發育分析
iTOL
工具鏈接:
https://itol.embl.de/
 
16Evolview
工具鏈接:
http://www.evolgenius.info/evolview/
 
17、啟動子預測
Promoter Scan
工具鏈接:
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
 
18、蛋白一級結構預測
PredictProte
工具鏈接:
https://www.predictprotein.org/home
 
19、ProtParam tool
工具鏈接:
http://web.expasy.org/protparam/
 
20、信號肽預測
SignalP
工具鏈接:
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
 
21、跨膜結構域
TMHMM Server v. 2.0
工具鏈接:
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
 

22、亞細胞定位
PSORT
工具鏈接:
https://www.psort.org/
 
23、蛋白三級結構預測
SWISS-MODEL
工具鏈接:
https://swissmodel.expasy.org/
 
24、Phyre2
工具鏈接:
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
 
25、短序列拼接
Cap3
工具鏈接:
http://doua.prabi.fr/software/cap3
 
26 、GO富集分析
OmicShare GO富集分析工具
工具鏈接:
http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html
 
27、KEGG富集分析
OmicShare KEGG富集分析工具
工具鏈接:
http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html
 
28、趨勢分析
OmicShare 趨勢分析工具
工具鏈接:
http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend
 
29、蛋白結構域預測
Pfam
工具鏈接:
http://pfam.xfam.org/search
 
30、基因組雜合性評估
GenomeScope
工具鏈接:
http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
 
31、圈圖
CIRCOS
工具鏈接:
http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
 


生信自學網推薦精品課程:
《單基因挖掘套路基于TCGA數據庫》
《TCGA腫瘤突變負荷》
《GTEx數據庫聯合TCGA數據庫挖掘》
《中藥復方網絡藥理學》



責任編輯:樂偉
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