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Cox比例風險回歸模型發文思路

時間:2019-07-31 11:01來源:原創 作者:biowolf.cn 點擊:
TCGA數據庫挖掘,癌癥分析首選數據庫,Cox比例風險回歸模型是TCGA分析一個非常重要的方法,同時也是一個發文熱點。
上次推文之后,有很多學員問到ceRNA、Cox風險模型、GEO多芯片聯合分析、甲基化與基因聯合分析的分析思路,我們在之前發文的基礎上,給大家總結思路,希望對大家有幫助,當然最實惠的辦法是學習課程,最高效的辦法是找我們直接做分析。

1、數據下載

從TCGA數據庫下載level3的RNA-seq數據

2、差異分析得到差異基因:

3、熱圖繪制

數據下載差異分析可以學習:TCGA基礎課程

4、單因素Cox分析

5、多因素Cox分析

風險模型:

同時繪制生存曲線

6、ROC曲線

7、使用survival R包繪制ROC曲線7、風險曲線和熱圖

根據公式和每個樣品的表達量得到每個樣本的生存打分

學習Cox風險回歸模型

8、獨立預后因子

9、GO富集分析

想得到上面的表和圖可以學習:GO富集分析

10、kegg富集分析


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
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