知識的價值不在于占有,而在于使用。

生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

當前位置: 主頁 > TCGA >

甲基化和基因表達聯合分析

時間:2019-07-31 10:43來源:原創 作者:biowolf.cn 點擊:
繼TCGA基礎課程、Cox風險模型、ceRNA網絡構建課程推出之后,在學員強烈要求下,我們的程序員、授課老師合理規劃,協同合作,經過半年的努力,終于推出了《TCGA甲基化基礎課程》、《

那么我們來看看甲基化和甲基化表達聯合分析:
一、數據下載
從TCGA數據庫下載甲基化數據,按照一定的條件篩選需要的樣本數據。同時整理臨床數據。購買課程:《TCGA甲基化基礎課程》

二、甲基化驅動基因
1、使用R包比較所有癌癥組織及正常組織,使用一定的過濾條件,尋找所有的高甲基化及低甲基化的基因,并對hypermethylated及hypomethylated基因繪制圖形。購買課程:《TCGA甲基化驅動基因》


2、對差異甲基化的基因,計算基因甲基化程度和基因表達的相關性,得到相關性檢驗的結果。

甲基化驅動基因

3、繪制熱圖

三、生存分析
使用survival R包對差異基因分別做生存分析,采用log-rank方法,使用一定的篩選條件,得到與生存相關的基因。
生存分析

四、GO富集分析
GO富集分析

五、KEGG富集分析

購買課程:《GO富集分析》《KEGG富集分析》

 


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
加生信自學網群
BioWolf二維碼生成器
頂一下
(5)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔線----------------------------
發表評論
請自覺遵守互聯網相關的政策法規,嚴禁發布色情、暴力、反動的言論。
評價:
表情:
用戶名: 驗證碼:點擊我更換圖片
TCGA腫瘤微環境
推薦內容
單基因發文套路
m6A