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TCGA命令行下載數據視頻教程

時間:2017-08-16 13:42來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
TCGA數據庫數據下載分網頁下載和命令行下載,當文件數據比較大是,需要使用命令行下載。
TCGA數據庫的數據下載是數據庫挖掘的基礎,TCGA官方提供兩種下載方式,這兩種下載方式是相輔相成的,一般臨床數據,miRNA表達數據,樣本量少的數據可以使用網頁下載,而基因表達數據,甲基化數據,樣本量大的數據都要使用TCGA提供的GDC工具才能下載,當然GDC工具下載也先要到TCGA數據庫下載相關的文件,也就是保存所有樣本信息的文件,結合GDC工具和樣本信息,就可以下載TCGA數據了。
TCGA數據庫用戶數量多,服務器壓力大,所以下載一般選擇比較閑的時間段,不要選擇在周末或者是用網高峰,這樣很容易出現下載失敗,然后要反復去運行命令下載,一般選擇在工作日用網低峰或者是凌晨下載,操作很簡單,輸入命令,工具就會自動下載,不用擔心需要一直守在電腦旁邊。
數據下載下載要分目錄保存,要不然后續處理連自己都不清楚哪些樣本是基因,哪些樣本是miRNA的,這點很重要,養成一個好的習慣。

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責任編輯:樂偉
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