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TCGA數據下載工具

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發表于 2017-9-12 05:58:07 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂

1、TCGA簡介

美國政府發起的癌癥和腫瘤基因圖譜(Cancer Genome Atlas,TCGA)計劃,試圖通過應用基因組分析技術,特別是采用大規模的基因組測序,將人類全部癌癥(近期目標為50種包括亞型在內的腫瘤)的基因組變異圖譜繪制出來,并進行系統分析,旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小變異,了解癌細胞發生、發展的機制,在此基礎上取得新的診斷和治療方法,最后可以勾畫出整個新型“預防癌癥的策略”。

TCGA 使命:提高人們對癌癥發病分子基礎的科學認識及提高我們診斷、治療和預防癌癥的能力

TCGA 目標:完成一套完整的與所有癌癥基因組改變相關的“圖譜”。

TCGA數據源大部分都是公開的,如何有效的進行收集和預處理 是一個頭疼 的問題。今天和大家介紹下下載數據的工具,其各有優缺點:

(1)直接去官網下載。這個具體參考其官網的操作文檔就可以啦。

http://www.yqrdgt.icu/Video/tcga_download.html

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 樓主| 發表于 2017-9-12 05:59:26 | 只看該作者
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(2)cBioPortal

點擊下載數據按鈕之后,可以按照目前研究的癌癥的類型和發表的年代進行選擇,然后選擇相應的數據類型,比對snp突變,拷貝數變異和表達譜數據等。

這個工具最好的地方在于 ,你可以選擇你感興趣的基因,然后點擊submit提交,坐等下載就可以啦。當然這個工具還是支持一些在線分析的。
http://www.yqrdgt.icu/Video/cBioPortal_video.html

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 樓主| 發表于 2017-9-12 06:01:39 | 只看該作者
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(3)ICGC

ICGC 可以在搜索框中直接搜索你感興趣的癌型。然后回車,選擇相應的數據

選擇相應的數據,然后點擊下載。

然后選擇想要下載的數據類型。


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 樓主| 發表于 2017-9-12 06:04:11 | 只看該作者
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(4)TCGA-Assembler

可以使用TCGA-Assembler這軟件去下載TCGA的數據http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/。TCGA-Assembler不但可以很方便的下載數據,還能對數據進行初始化處理,非常方便。下載完后,我們使用首先要安裝一些依賴包。通過下面的命令:
install.packages(c('HGNChelper', 'RCurl', 'httr', 'stringr', 'digest', 'bitops'), dependencies=T)

安裝完了依賴包,我們進入剛才下載的TCGA-Assembler的目錄,使用setwd(C:/Users/cloud/Desktop/TCGA-Assembler)設置TCGA-Assembler的目錄為工作目錄,接下來,我們就可以下載數據了。我們需要下載什么數據,就選擇相應的腳本。具體代碼見丁香網有具體的講解。

(5)GenePattern。

這些工具使用起來還是有其局限性,都不能夠輕易獲取每個癌癥類型的二維數據矩陣(例如基因為rows,樣本為columns)。


參考資料:

http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp

http://dcc.icgc.org/download/current

http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/

http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/download/index



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5#
發表于 2017-9-21 10:01:05 | 只看該作者
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看著頭痛,還是官網gdc好用點
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