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CGGA膠質瘤數據庫簡介和數據下載

時間:2019-08-25 16:44來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
CGGA數據庫是一個用戶友好的網絡應用程序,用于數據存儲和分析,以探索來自中國隊列2000多個樣本的腦腫瘤數據集。

CGGA數據庫數據下載

數據庫網址:cgga.org.cn


CGGA數據庫簡介

CGGA數據庫是一個用戶友好的網絡應用程序,用于數據存儲和分析,以探索來自中國隊列2000多個樣本的腦腫瘤數據集。該數據庫包括全外顯子測序(286)、DNA甲基化(159)、mRNA測序(1018)、mRNA微陣列(301)和microRNA微陣列(198)以及匹配的臨床數據。分析工具允許用戶瀏覽DNA突變譜、mRNA/micorrna表達譜和甲基化譜,并對特定的膠質瘤亞型進行相關性和生存率分析。

主頁界面

 

CGGA數據庫的界面簡潔友好,下載數據非常簡單,選擇DOWNLOAD菜單就可以進入下載界面

 

進入下載界面,我們選擇需要的數據下載就可以了,我們這里給大家介紹的是mRNAseq數據,下載mRNAseq和樣本的臨床數據,CGGA數據庫只有膠質瘤的數據,數據整理的也比較規范,所以后期分析也不像TCGA那么復雜

下載mRNAseq_693mRNAseq_325的數據和臨床數據用于后面做分析

 

下載之后解壓我們就得到了這些數據,那么接下來把mRNAseq_693mRNAseq_325數據整合在一起做后續的分析呢

因為涉及到批次問題,我們需要對數據做批次矯正,最后我們希望得到一個矩陣,做后續的分析。


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責任編輯:樂偉
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