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單基因批量篩選方法之獨立預后分析過濾

時間:2019-08-30 10:41來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
通過前面的生存分析過濾之后,我們就得到了符合條件的一個新的矩陣,矩陣內的基因KM分析和Cox分析的P值都是小于0.001的,接下來我們做獨立預后分析過濾

通過前面的生存分析過濾之后,我們就得到了符合條件的一個新的矩陣,矩陣內的基因KM分析和Cox分析的P值都是小于0.001的,接下來我們做獨立預后分析過濾

也就是看這些跟生存相關的基因哪些可以作為獨立預后的因子,可以作為獨立預后因子的基因,對我們的臨床是非常有意義的,說明這些基因可以獨立于其他的臨床性狀作為一個獨立的預后因子。

結果解讀

基因名稱,HR值:HR值大于1,說明該基因是高風險基因,該基因表達越高,生存越低;HR值得95% CIpvalueP小于0.05說明這個基因可以作為獨立的預后因子,P大于0.05說明該基因不能作為獨立的預后因子。

接下來我們看下獨立預后過濾用到的輸入數據:

1、生存顯著相關的基因文件,這個文件是前面kmcox分析得到的基因表達

 

2、因為是做臨床相關,所以這里我們需要準備好臨床數據文件,因為做獨立預后分析,需要所有的臨床都是數值,所以我們要對自己的臨床做整理,分類是自定義為:012等數字,這樣整理好之后,就可以做獨立預后分析。這里需要注意的是,NA需要刪除,連續變量的話,需要劃一個標準,比如年齡,可以以40為標準,或者65為標準,大于等于65的為0,小于65的為1,當然這些都需要用文件記錄下來,后期寫文章需要備注。

 

接下來就可以用R做分析,得到結果之后,我們可以設定一個篩選條件,主要看結果,比如設定P小于0.001作為篩選條件,把符合條件的基因。
 

同時我們會輸出另外一個文件,作為后續分析的輸入文件,做了獨立預后過濾,我們后面還會做其他過濾。這個文件和前面的文件格式是一樣的,只是現在的基因是經過了新的過濾的基因,也就是獨立預后分析p小于0.001的基因。

是不是很強大,很歡喜,后面還有幾層過濾的,單基因過濾就選生信自學網課程
后面我們會介紹其他幾個步驟

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責任編輯:樂偉
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