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小RNA測序分析數據下載miRNA、siRNA和piRNA

時間:2019-07-30 11:41來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
小RNA是一類是長度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA。小RNA能夠調控基因的表達,在細胞生長、發育、代謝等基礎生物學過程中扮演著重要的角色。
小RNA測序
小RNA是一類是長度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA。小RNA能夠調控基因的表達,在細胞生長、發育、代謝等基礎生物學過程中扮演著重要的角色。
通過高通量測序技術,可以發掘全基因組水平的小RNA圖譜、對miRNA表達水平定量、挖掘新的miRNA分子、預測靶基因、鑒定樣品間差異表達分析。學生信,上生信自學網
一、數據下載
主要從NCBI、EBI數據庫下載
下載原始數據(fastq)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.ebi.ac.uk/
以NCBI下載為例,首先打開NCBI數據庫,進入主頁之后,在數據類型,我們選擇“SRA”,在搜索框輸入我們需要搜索的內容,比如” microrna sequencing human”

或者直接搜索代碼“ERX657496”,我們生信自學網將用這個數據為例給大家講解

進入頁面之后,我們選擇Run下面的代號,點擊進入詳情頁面,進入到“ERR713574”頁面之后,我們復制實驗號“ERX657496”

拉倒當前頁面的上部分,找到Download-FASTA/FASTQ,進入搜索頁面,把剛才復制的實驗號輸入到搜索框

進入到結果頁面,數據格式我們選擇FASTQ,然后點擊Download下載數據



二、質控
對得到的數據質量控制,做數據過濾
三、reads長度分布統計
四、全基因組比對
五、已知miRNA鑒定
六、Rfam數據比對
七、差異表達
八、miRNA靶基因
九、新miRNA預測
十、其他分析

 如果大家需要詳細學習,可以購買《小RNA測序分析》課程
微信下單直接進入:《小RNA測序分析》



責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
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