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單基因批量篩選方法之生存分析過濾

時間:2019-08-29 17:06來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
單基因篩選過濾,層層篩選,層層過濾,用數據庫本身數據,得到最佳理想效果的基因。
單基因篩選過濾,層層篩選,層層過濾,用數據庫本身數據,得到最佳理想效果的基因。

1、生存數據和表達數據合并
這里我們用到兩個文件,一個是臨床數據文件,一個是表達文件,根據樣本代號,可以把兩個文件合并起來,合并的方法很簡單,生信自學網這里使用perl腳本,運行之后直接出結果,簡單又高效。

2、得到合并后的矩陣expTime.txt,我們開始做第一個篩選:生存分析過濾
這里我們會用到兩種方法,一種是KM的方法,一種是Cox的方法。
KM方法是離散的方法,根據基因表達量中位值,把樣本分成高低表達兩組,比較兩組之間是否存在差異,這是一個離散的比較,比較兩組是否有生存差異。
Cox方法是把基因當成一個連續變量,跟生存時間和生存狀態進行比較,看基因表達是否和生存相關。
這里篩選條件,是KM方法和Cox方法同時小于0.001
然后把同時符合條件的基因信息保存下來,做接下來的篩選

第一列就是基因名稱, KM方法的p值,后面幾列是cox分析的結果,分別是HR值,95% CI以及cox分析的p值,表里面輸出的基因都是KM和Cox的p值都小于0.001的結果。
同時輸出用于后續分析的一個表格:

生存相關顯著的基因矩陣,用于后面的幾層篩選使用
后面我們會介紹其他幾個步驟

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責任編輯:樂偉
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